Устройство призвано заменить iPhone 6 в текущей линейке смартфонов Apple. По уточненным данным, iPhone 5SE будет оснащен флагманским процессором A9 с сопроцессором движения M9. Благодаря этому, голосовой помощник Siri будет всегда активен в фоновом режиме. Смартфон будет оснащен модулями Bluetooth 4.2, VoLTE и Wi-Fi 802.11ac. У него будет установлен NFC-чип и сканер отпечатков пальцев Touch ID.